CIR et CII 2025-2026, quels sont les impacts du budget de l’état ?

Le 13 février 2025, le Conseil constitutionnel validait l’essentiel du Projet de Loi de Finances de l’Etat pour 2025, ainsi, le CIR et le CII 2025 évoluent. À l’exception de 10 dispositions censurées pour « motif de procédure », aucun article n’est censuré totalement.

Voici les 4 changements majeurs du PLF 2025 qui impactent le CIR et le CII 2025 pour vos déclarations à faire en 2026.

1. CII, le taux diminue et passe de 30 % à 20 %  → l’impact est direct sur la trésorerie des PME innovantes.
2. CIR : suppression des dépenses éligibles : brevets, veille technologique, doublement “jeune docteur” → c’est une réduction de l’assiette du CIR.
3. CIR : le taux des frais de fonctionnement lié au personnel R&D baisse de 43 % à 40 % → c’est une moindre couverture des coûts indirects.
4. Pérennisation du CII jusqu’en 2027, mais à taux réduit → cela offre une stabilité partielle aux PME.

Ce texte comporte des modifications importantes pour le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) et pour le Crédit d’Impôt Innovation (CII). Sa promulgation au Journal Officiel, suivie de l’entrée en vigueur du texte, garantit l’application des mesures, au regard du code général des impôts.

Précision : il concerne bien les dépenses encourues en 2025, les crédits d’impôt seront déclarés en cette année 2026.

Passons ces modifications du CIR et du CII 2025 en revue

Impacts sur le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) en 2025

La recherche et développement restent un levier d’allègement d’impôt sur les sociétés, pas un levier d’exonérations fiscales. C’est heureux pour les jeunes entreprises innovantes, dont les activités de recherche sont primordiales. Cependant, certaines dépenses éligibles avant, ne le sont plus au total du bilan 2025.

• Les frais de fonctionnement forfaitaires attachés au personnel R&D diminuent de 43 % à 40 % ;
• Les dépenses de propriété industrielle (brevets et certificats d’obtention végétale), ne sont plus éligibles (toutes les dépenses : dépôt, maintien, défense, acquis en immobilisation) ;
• Les dépenses engagées de veille technologique ne sont plus éligibles ;
• Suppression totale du statut jeune docteur (cette bonification importante du CIR pendant 24 mois après l’embauche n’existe plus).

Pour complexifier encore, il faudra faire l’an prochain 2 calculs ! En effet, ces mesures ne s’appliquent qu’à compter du lendemain de la promulgation de la loi :

• du 01/01/2025 au 14/02/2025 : ancien régime ;
• du 15/02/2025 au 31/12/2025 : nouveau régime.

Notons également que le législateur apporte des détails sur la définition des subventions à déduire. Désormais, on cible les sommes versées par les personnes morales de droit public et les personnes morales de droit privé chargées d’une mission de service public. Comme l’atteste le débat sur la déductibilité ou non des financements accordés par BPI.

1 Cas concret du taux des frais de fonctionnement lié au personnel baissé de 43 % à 40 %

Cela concerne les entreprises qui ont des coûts indirects importants, gestion de projet, infrastructure, logiciels…

Prenons le cas d’une entreprise avec 1 M€ de dépenses de personnels éligibles.

• 2024 : 43 % × 1 M€ = 430 000 € de CIR.
• 2025 : 40 % × 1 M€ = 400 000 € de CIR.

C’est une perte de 30 000 € dans le CIR 2025, déclaré en 2026.

Comptables, revoyez la ventilation des coûts, séparez les frais directs et indirects.
Pour les dirigeants, optimisez vos coûts indirects, vous pouvez externaliser ou mutualiser.

2 exemple, avec la suppression des dépenses éligibles

Toutes les entreprises qui incluaient ces postes, brevets, veille technologique, jeune docteur, dans leur assiette CIR.

Cas d’une startup qui dépense 100 000 € en brevets et 50 000 € en veille technologique.

• 2024 : 30 % × 150 000 € = 45 000 € de CIR.
• 2025 : 0 € de CIR sur ces postes.

La perte sèche se chiffre à 45 000 €, mais cela peut se compenser par d’autres dépenses éligibles, comme les salaires ingénieurs.

Les juristes et les équipes R&D revoient la documentation des dépenses, et n’incluent plus les brevets ou la veille dans le CIR.
Quant aux start-ups, elles privilégient les dépenses salaires et de matériel, plus sûres pour le CIR.

3 la cas des dépenses avant le 15/02/2025, sous l’ancien régime

C’est valable pour toutes les entreprises qui ont engagé des dépenses dès janvier 2025.

Exemple, une entreprise engage 500 000 € en R&D en janvier 2025, puis 500 000 € en mars 2025 (en supposant qu’il n’y ait pas de dépenses liées aux brevets ou à la veille).

• Janvier : 30 % × 500 000 € = 150 000 € de CIR (ancien régime).
• Mars : 30 % × 500 000 € = 150 000 € de CIR (nouveau régime, avec les nouvelles règles).

Ce n’est pas de perte au bilan comptable, mais une complexité comptable, elle se documente précisément.

Comptables, vous avez deux assiettes, l’une avant le 15 février, et l’autre après le 15/02/2025.
Pour un dirigeant, anticiper les dépenses en janvier pour profiter de l’ancien régime, pour profiter de l’ancien régime, plus avantageux.

Impacts sur le Crédit d’Impôt Innovation (CII) en 2025

Le CII se prolonge jusqu’au 31/12/2027, ce qui est une bonne nouvelle pour les entreprises innovantes. (initialement, la suppression du dispositif était prévue au 31/12/2024) ;

Son taux diminue de 30 % à 20 % (retour en arrière à l’ancien taux).

Promulguée et publiée au Journal Officiel du 14 février 2025, la Loi de Finances pour 2025 est effective, comme l’indique cet article sur le site Vie Publique, dès le 01/01/2025 en ce qui concerne le CII (mais à partir du 15/02/2025 pour le CIR).

Impact concret sur votre trésorerie, de la baisse du taux de 30 à 20 % du CII 2025, déclaré en 2026

Les PME, au sens communautaire, qui investissent dans l’innovation, non la R&D, par exemple prototypage, etc.

Cas concret d’une PME qui dépense 400 000 € en innovation éligible au CII :

• 2024 : 30 % × 400 000 € = 120 000 € de crédit d’impôt.
• 2025 : 20 % × 400 000 € = 80 000 € de crédit d’impôt.

C’est donc une perte de 40 000 € de trésorerie.

Les dirigeants peuvent réévaluer leurs budgets innovation, et prioriser les dépenses à fort impact ROI.
Quant aux comptables, ils doivent s’assurer que les dépenses sont bien de l’innovation, et non de la R&D, car le CIR change aussi !

Nos conseils, les stratégies à adopter en 2025-2026

Les conseils stratégiques pour PME :

• Priorisez le CII, même à 20 %, c’est un levier important.
• Optimisez les dépenses R&D, en évitant les postes non-éligibles (brevets, veille).
• Utilisez les fonds européens, tels Horizon Europe, BPI, etc.

Conseils stratégiques pour les ETI et grandes entreprises :

• Revoyez la stratégie R&D avec les leviers actionnables, externaliser, mutualiser, réduire les coûts indirects.
• Utilisez le CICo, en effet, le Crédit d’Impôt Collaboratif est idéal pour les projets avec des partenaires.
• Anticipez vos dépenses si vous voulez profiter de l’ancien régime du CIR en janvier 2025.

Nos conseils pour les experts-comptables et leurs déclarations 2026 :

• Documentez précisément les dépenses dans vos déclarations 2026, avant et après le 15/02/2025.
• Séparez les postes R&D, innovation, frais de fonctionnement.
• Utilisez des outils de suivi pour calculer l’assiette CIR et CII en temps réel.

L’entreprise doit analyser sa situation sur ces financements

Vérifier l’éligibilité de votre entreprise est primordial !

Les dispositifs CIR et CII 2025 réduisent donc la voilure : dépenses de personnel d’un jeune docteur (rémunérations, retenues, et charges patronales), frais de fonctionnement du personnel qui œuvre sur vos projets de recherche et nouveaux produits, réduction de taux, etc. Avec ces nouveaux éléments, l’expert-comptable enregistre l’aide à l’innovation et à la recherche fondamentale, conformément aux nouvelles exigences de l’administration fiscale.

Néanmoins, les entreprises innovantes peuvent bénéficier encore d’avantages fiscaux, et d’aides pour leurs dépenses de recherche, dépenses d’innovation, prototypes ou autre projet de recherche. Ainsi, une jeune entreprise innovante, pour qui la conception de prototypes est une charge lourde, bénéficie encore d’allègements sur ces impôts !

Entreprise innovante, quelle que soit votre taille : TPE, PME, JEI, ETI, grande entreprise, jeune entreprise ou start-up, vous pouvez donc prétendre à financer vos projets innovants et vos travaux de recherche.

Nos conseils pour obtenir un CIR ou CII.

Fiche pratique, identifier les aides aux entreprises innovantes.